1990年2月，学校保卫科升格为保卫处；1998年7月，保卫处更名为综合治理处；2004年7月，综合治理处改名为保卫处，与武装部、派出所合署办公；2007年9月，湖南省高校公安体制改革，砂子坳派出所从保卫处分离；2010年3月，砂子坳派出所正式划归吉首市公安局建制序列；2014年8月，武装部从保卫处分离，与学工部合署办公；2016年12月,张家界校区综治办、后勤办合并成立张家界校区后勤与保卫处，负责张家界校区安全保卫工作；2022年11月，张家界校区后勤与保卫处更名为张家界校区后勤与安全事务中心，负责张家界校区安全保卫工作。
2022年11月，保卫处更名为党委保卫工作部（简称：保卫部），设办公室、政保科、消防科、治安科，负责统筹校园安全保卫工作。
